RAPDとRFLPの主な違いは、RAPDが短いプライマーを用いて大きな鋳型中のDNAのランダムな断片を増幅するPCRであるのに対し、RFLPでは1つまたは複数の制限酵素がDNAサンプルを消化して制限断片を作り、ゲル電気泳動で分離することである。
そのため、RADPは少量のDNAで測定できるのに対し、RFLPは大量のDNAを必要とする。
また、RAPDは1～10座の遺伝子座を検出することができる迅速な方法であるのに対し、RFLPは1～3座しか検出できない緩慢な方法です。
さらに、RAPDは対立遺伝子変異を検出できないのに対し、RFLPは対立遺伝子変異を検出することができる。
RAPD (random amplified polymorphic DNA) と RFLP (restriction fragment length polymorphism) は、分子生物学において、相同なDNAの変異を利用して短いDNA配列である遺伝マーカーを検出する技術です。
主な対象分野
- RAPDとは
– 定義、手順、重要性 - RFLPとは
– 定義、操作方法、重要性 - RAPDとRFLPの類似点とは？
– 共通する特徴の概要 - RAPDとRFLPの違いとは？
– 主な違いの比較
この記事の重要な単語
RAPDとは
RAPD (random amplified polymorphic DNA) は、DNA の変異を検出するための高速な PCR ベースの方法です。
2つの研究室（Williams et. al., 1990; Welsh and McClelland, 1990）が独自に開発した手法です。
さらに、RAPDは単一の任意のプライマーを用いて、多数の離散的なDNA産物を増幅させるものです。
RAPDに含まれるステップは以下の通りです。
- DNA抽出
- ランダムプライマーによる増幅
- ゲル電気泳動とマーカーの可視化 図1: RAPDマーカーによるレタスの多様性
さらに、得られたパターンを分解することで、特定のDNAサンプルの半独占的なDNAプロファイルを作成することが可能である。
RAPDはランダムプライマーの特異性が低いため、1つのランダムプライマーで増幅できる遺伝子座の数は比較的多くなります。
しかし、RAPDは遺伝子マッピング、集団遺伝学、分子進化遺伝学、動植物育種などにおいて重要な技術です。
さらに、生成されるマーカーの数だけでなく、スピード、コスト、効率によって、初心者には不可欠な技術です。
RFLPとは
RFLP（制限長多型）とは、相同なDNAの変異を利用した手法です。
また、その識別力の高さからもよく知られた方法です。
しかし、RFLPはPCRを用いない方法であるため、ゲノムの断片の生成に制限酵素を使用します。
また、個体間の制限断片の長さのばらつきを検出することができる。
RFLPは以下の3つのステップで構成されています。
- DNAの制限酵素による消化
- ゲル電気泳動
- 特異的なプローブによるサザンブロットと検出 図2：RFLPによる対立遺伝子変異の検出
また、この過程で使用される制限酵素は、特定のDNA配列に対してユニークなものです。
制限酵素の認識配列が短いと、より多くの断片を生成することができる。
さらに、RFLPは遺伝子型判定、法医学、父子鑑定、遺伝性疾患のパターン検出、疾患保因者の検出において重要です。
しかし、大量のDNAを必要とするため、労働集約的で時間のかかる作業である。
RAPDとRFLPの類似性
- RAPDとRFLPは、分子生物学において、相同なDNAの変異を利用して遺伝マーカーを検出する技術です。
- RAPDとRFLPは、分子生物学において、相同DNAの変異を利用した遺伝マーカーを検出する技術であり、遺伝子マッピング、ゲノム指紋、遺伝的近縁性の調査に必要なDNA多型を検出する。
- そのため、個体、種、集団の区別に役立ちます。
- また、両手法ともゲノム中の全DNA量を用いて解析する。
RAPDとRFLPの違い
定義
RAPD（Random Amplified Polymorphic DNA）とは、PCR法を用いて遺伝子の変異を識別する手法であり、RFLP（Restriction Fragment Length Polymorphism）とは、DNAの特定領域における制限酵素の切断パターンに基づいて個体を識別する、分子レベルの遺伝子解析手法のことである。
メソッドの種類
また、RAPDはPCR法であり、RFLPは非PCR法です。
方法
RAPDがランダムプライマーを用いてゲノム中の遺伝子マーカーを増幅するのに対し、RFLPはゲノムDNAを制限酵素で分解して増幅する。
DNA量
また、RAPDは少量のDNA（10〜50ng）で解析できるのに対し、RFLPは比較的多量のDNA（2〜10μg）が必要です。
種に対する特異性
RAPDはどの種にも共通するランダムプライマーを使用し、RFLPは異なる種に特異的なプローブを使用します。
効率性
さらに、RAPDは工程数が少なく、迅速に処理できるのに対し、RFLPは工程数が多く、時間がかかる。
信頼性
RAPDは信頼性が低く、RFLPは信頼性が高い。
検出容量
RAPDとRFLPのもう一つの違いは、RAPDが1〜10座を検出できるのに対し、RFLPは1〜3座しか検出できないことです。
アレルバリアントの検出
さらに、RAPDは対立遺伝子変異を検出できないが、RFLPは対立遺伝子変異を検出することができる。
重要性
RAPDは遺伝子マッピング、集団遺伝学、分子進化遺伝学、動植物育種などに、RFLPは遺伝子型判定、法医学、父子鑑定、遺伝性疾患のパターン検出、疾患保菌者の検出などに重要な技術です。
結論
RAPD は、ゲノム中に存在する遺伝マーカーを検出するための PCR ベースの手法です。
また、これらのマーカーを増幅するためにランダムプライマーを使用する。
RAPD は PCR 法であるため、少量の DNA で済む。
また、高速に測定できる反面、対立遺伝子の変異を検出することはできません。
一方、RFLPはPCRを用いない手法であり、ゲノム内のDNAの変異を検出することができる。
しかし、DNAの制限酵素処理、サザンブロッティング、特異的なプローブによる配列の検出を用いる。
そのため、より信頼性の高い方法です。
しかし、大量のDNAを必要とする。
従って、RAPDとRFLPの大きな違いは、手順と重要性です。
