発現配列タグと配列アノテーションの大きな違いは、発現配列タグ(EST)が遺伝子の確認に重要な完全または部分的なcDNA配列であるのに対し、配列アノテーションは遺伝子の構造的・機能的構成要素を導き出すものである点です。
一般に、ゲノムの構造的・機能的な部分を決定するためには、発現配列タグと配列アノテーションの2つが重要な事実です。
Expressed Sequence タグとは
EST(Expressed Sequence Tag)とは、新規遺伝子を決定する上で重要な短いcDNA配列のことです。
また、この発現配列タグは、遺伝子の転写産物を同定するためにも重要です。
全ゲノムおよびトランスクリプトームシーケンスの中で、発現配列タグの需要は高いです。
ESTは、クローン化されたcDNAをワンショットでシーケンスすることにより得られます。
一般に、EST生成のためのcDNAは、cDNAライブラリの1つのクローンから得られます。
また、ESTは発現している遺伝子の一部分です。
また、ESTは500-800bpの長さの配列です。
:図1 CDNAライブラリー
さらに、放射線ハイブリッドマッピング、ハッピーマッピング、FISHなどの物理的マッピング技術により、特定の染色体の配列タグを発現している。
また、ESTは新規遺伝子の配列と整列し、新規遺伝子の配列が遺伝子を表していることを確認する。
一般的には、予測される転写産物から遺伝子を同定するためのツールです。
配列アノテーションとは
配列アノテーションとは、ゲノム上の遺伝子や遺伝子のコード領域の位置を特定する作業のことです。
ゲノム配列が決定された後、ゲノムの構造や機能を明らかにするために、ゲノムアノテーションは重要です。
アノテーション後は、ゲノムの位置からイントロン-エクソン境界、制御配列、繰り返し配列、遺伝子名、タンパク質産物がわかるようになる。
したがって、配列アノテーションにより、ゲノムに沿った機能要素の同定が可能となる。
:図2:遺伝子の構造
さらに、この30年間で、配列アノテーションは、単一ゲノム上の長いタンパク質コード遺伝子の計算アノテーションと、短い制御要素の実験アノテーションの2つの側面で発展してきた。
しかし、配列アノテーションとは、配列の構造的・機能的情報を導き出す作業です。
Expressed Sequence Tagsと配列アノテーションの類似性
- 発現配列タグと配列アノテーションは、ゲノムの構造的・機能的な部分を特定する上で重要な要素です。
- さらに、両者はゲノムの要素をマークするのに役立ちます。
Expressed Sequence Tags と Sequence Annotation の相違点
定義
配列注釈とは、DNA、RNA、タンパク質の配列中の特定の特徴に、構造や機能に関する説明的な情報を付加するプロセスを意味する。
意義
通常、発現配列タグは遺伝子を特定するために用いられる短いcDNA配列であり、配列アノテーションはDNAに特定の構造や機能を標識する作業です。
機能
Expressed Sequence Tagは、ゲノム中の新しい遺伝子を同定するために重要であり、配列アノテーションは、ゲノム中のDNAに遺伝子の目印をつける作業です。
結論
簡単に説明すると、ゲノムの構造的・機能的部分を決定する上で、発現配列タグと配列アノテーションの2つが重要な要素です。
Expressed Sequence Tagは短いcDNA配列で、ゲノムの新しい遺伝子配列を確認するのに役立ち、一方、配列アノテーションはゲノムの構造的・機能的部分をマークするプロセスです。
例えば、ESTはゲノム中の新しい遺伝子を決定するのに役立っている。
しかし、expressed sequence tagsとsequence annotationの大きな違いは、ゲノム上での機能です。