Expressed Sequence TagsとSequence Annotationの違いとは?

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発現配列タグと配列アノテーションの大きな違いは、発現配列タグ(EST)が遺伝子の確認に重要な完全または部分的なcDNA配列であるのに対し、配列アノテーションは遺伝子の構造的・機能的構成要素を導き出すものである点です。

一般に、ゲノムの構造的・機能的な部分を決定するためには、発現配列タグと配列アノテーションの2つが重要な事実です。

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Expressed Sequence タグとは

EST(Expressed Sequence Tag)とは、新規遺伝子を決定する上で重要な短いcDNA配列のことです。

また、この発現配列タグは、遺伝子の転写産物を同定するためにも重要です。

全ゲノムおよびトランスクリプトームシーケンスの中で、発現配列タグの需要は高いです。

ESTは、クローン化されたcDNAをワンショットでシーケンスすることにより得られます。

一般に、EST生成のためのcDNAは、cDNAライブラリの1つのクローンから得られます。

また、ESTは発現している遺伝子の一部分です。

また、ESTは500-800bpの長さの配列です。

Compare Expressed Sequence Tags and Sequence Annotation:図1 CDNAライブラリー

さらに、放射線ハイブリッドマッピング、ハッピーマッピング、FISHなどの物理的マッピング技術により、特定の染色体の配列タグを発現している。

また、ESTは新規遺伝子の配列と整列し、新規遺伝子の配列が遺伝子を表していることを確認する。

一般的には、予測される転写産物から遺伝子を同定するためのツールです。

配列アノテーションとは

配列アノテーションとは、ゲノム上の遺伝子や遺伝子のコード領域の位置を特定する作業のことです。

ゲノム配列が決定された後、ゲノムの構造や機能を明らかにするために、ゲノムアノテーションは重要です。

アノテーション後は、ゲノムの位置からイントロン-エクソン境界、制御配列、繰り返し配列、遺伝子名、タンパク質産物がわかるようになる。

したがって、配列アノテーションにより、ゲノムに沿った機能要素の同定が可能となる

Expressed Sequence Tags vs Sequence Annotation:図2:遺伝子の構造

さらに、この30年間で、配列アノテーションは、単一ゲノム上の長いタンパク質コード遺伝子の計算アノテーションと、短い制御要素の実験アノテーションの2つの側面で発展してきた。

しかし、配列アノテーションとは、配列の構造的・機能的情報を導き出す作業です。

Expressed Sequence Tagsと配列アノテーションの類似性

  • 発現配列タグと配列アノテーションは、ゲノムの構造的・機能的な部分を特定する上で重要な要素です。
  • さらに、両者はゲノムの要素をマークするのに役立ちます。

Expressed Sequence Tags と Sequence Annotation の相違点

定義

配列注釈とは、DNA、RNA、タンパク質の配列中の特定の特徴に、構造や機能に関する説明的な情報を付加するプロセスを意味する。

意義

通常、発現配列タグは遺伝子を特定するために用いられる短いcDNA配列であり、配列アノテーションはDNAに特定の構造や機能を標識する作業です。

機能

Expressed Sequence Tagは、ゲノム中の新しい遺伝子を同定するために重要であり、配列アノテーションは、ゲノム中のDNAに遺伝子の目印をつける作業です。

結論

簡単に説明すると、ゲノムの構造的・機能的部分を決定する上で、発現配列タグと配列アノテーションの2つが重要な要素です。

Expressed Sequence Tagは短いcDNA配列で、ゲノムの新しい遺伝子配列を確認するのに役立ち、一方、配列アノテーションはゲノムの構造的・機能的部分をマークするプロセスです。

例えば、ESTはゲノム中の新しい遺伝子を決定するのに役立っている。

しかし、expressed sequence tagsとsequence annotationの大きな違いは、ゲノム上での機能です。

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