STBR GreenとTaqmanの主な違いは、SYBR GreenがPCR反応中に蓄積するPCR産物を検出するためのdsDNA結合色素であるのに対し、TaqmanはPCR中に蓄積する標的遺伝子に特異的な蛍光性プローブである点です。
さらに、SYBR Greenの特異性が中程度であるのに対し、Taqmanは高い特異性を有している。
さらに、再現性もSYBR Greenは中程度であるのに対し、Taqmanは高い。
SYBR GreenとTaqmanは、リアルタイムPCRの手順でPCR産物を検出するために使用される2つの化学物質です。
主な対象分野
- SYBR Greenとは？
– 定義、化学的性質、重要性 - タクマンとは
– 定義、化学的性質、重要性 - SYBR GreenとTaqmanの類似点とは？
– 共通点の概要 - SYBR GreenとTaqmanの違いについて
– 主な違いの比較
Key Terms
産物検出、Real-Time PCR、SYBR Green、Taqman Probes
SYBR Greenとは
SYBR Greenは、分子生物学においてDNAやRNAを染色するために使用されるdsDNA結合色素です。
一般的には、リアルタイムPCRの産物を検出するためにも使用される。
PCRの進行中、SYBR Greenは新たに増幅されたPCR産物それぞれに結合する。
したがって、PCRの終了時には、形成された産物の量はサンプルの蛍光強度に比例する。
図1:SYBR Greenの化学反応
さらに、SYBR Greenの最大の利点は、あらゆる二本鎖DNA配列の増幅をモニターできることである。
しかし、その反面、偽陽性のシグナルを発生させるため、アッセイの特異性が低下する。
また、プローブを使用しないため、アッセイにかかるコストが削減できる。
さらに、SYBR Greenの使用は技術的に容易なプロセスです。
一方、1つのPCR産物に複数の色素が結合することで、検出の感度が向上する。
タクマンとは
Taqmanは蛍光標識されたプローブであり、リアルタイムPCRにおいて標的PCR産物と特異的に結合する。
そのため、特定のPCRアッセイを検出するためには、特定のプローブを設計する必要がある。
このように、Taqman プローブの主な利点は標的特異的なハイブリダイゼーションにある。
さらに、異なる識別可能なレポーター色素で標識されたプローブを使用することで、1つの反応チューブで2つの異なる配列を検出することができる。
図2: タックマンプローブの化学的性質
一般に、Taqmanプローブは、5′末端に蛍光レポーター色素を、3′末端にクエンチャー色素を持つオリゴヌクレオチドプローブです。
プローブがそのままの状態では、クエンチャー色素が近接することにより、蛍光共鳴エネルギー移動（FRET）によりレポーター色素が発する蛍光が大きく減少する。
しかし、プローブがプライマーサイトの1つ下流の標的配列にアニールすると、TaqDNAポリメラーゼの5′ヌクレアーゼ活性がプライマー伸長中にプローブの5′末端を切断してしまう。
したがって、これによりレポーター色素がクエンチャー色素から分離され、レポーター色素のシグナルが増加する。
SYBR GreenとTaqmanの類似点
- SYBR GreenとTaqmanは、リアルタイムPCRにおけるPCR産物の検出のための2つの化学物質です。
- どちらもリアルタイムでPCR産物に結合する。
- さらに、PCRサイクルごとにPCR産物を定量するのに役立ちます。
- 遺伝子発現解析、DNA定量、ChiP（クロマチン免疫沈降法）などにおいて重要です。
SYBR GreenとTaqmanの違い
定義
SYBR Greenは分子生物学において核酸染色に用いられる非対称シアニン色素、Taqmanは定量PCRの特異性を高めるために設計されたプローブを意味する。
意義
また、SYBR GreenはPCR反応中に蓄積するPCR産物を検出するためのdsDNA結合色素であるのに対し、TaqmanはPCR中に蓄積する標的遺伝子に特異的な蛍光プローブであるため、SYBR GreenはPCR反応中に蓄積するPCR産物を検出するためのdsDNA結合色素であると言える。
従って、この点がSYBR GreenとTaqmanの大きな違いです。
検出の種類
また、SYBR Greenは配列特異性を持たずにあらゆるリアルタイムPCR産物を検出することができるが、Taqmanプローブは配列特異的にPCR産物を検出するのみです。
デザイン
SYBR Greenは事前に設計する必要がありませんが、Taqmanは特定のPCR産物の検出のために事前に設計する必要があります。
最適化
さらに、SYBR Greenは特定のリアルタイムPCRに最適化する必要があるが、Taqmanは最適化する必要がない。
特異性
SYBR GreenとTaqmanのもう一つの違いは、SYBR Greenは中程度の特異性を持ち、Taqmanは高い特異性を持つことである。
感度
SYBR Greenの感度は可変ですが、Taqmanの感度は1～10コピーまでです。
PCR阻害
SYBR GreenはPCR反応をある程度阻害するが、TaqmanはPCR反応を阻害しない。
再現性
SYBR Greenの再現性は中程度ですが、Taqmanの再現性は高いです。
多重化
また、SYBR Greenはマルチプレキシングに使用できませんが、Taqmanは同一サンプル内の複数のPCR産物を検出することが可能です。
アプリケーション
SYBR Greenは遺伝子発現解析、病原体検出におけるDNA定量などに、TaqmanはSNPジェノタイピング、突然変異などのコピー数変異の検出、タンパク質解析などに重要な役割を果たします。
結論
簡単に説明すると、SYBR GreenはリアルタイムPCRでPCR産物を検出するために使用されるdsDNA結合色素です。
一般に、サンプル中の全てのPCR産物に非特異的に結合する。
そのため、その特異性は中程度です。
一方、Taqmanは蛍光標識されたプローブであり、サンプル中の特定のPCR産物に特異的に結合する。
従って、このプローブはサンプルの種類によって異なる。
さらに、これはアッセイに高い特異性を与える。
したがって、SYBR GreenとTaqmanの主な違いは、そのケミストリーと利点にある。
